Les nukenins sont des ninjas ayant déserté leur village pour X raisons. Ils n'appartiennent à aucun village mais par contre ils sont poursuivis par les Oi-nins et divers autres ninjas s'ils sont des dangers potentiels. Il y a deux sorte de Nukenins: les mercenaires et les criminels.
Mercenaire: Ce sont des chasseurs de primes, mais ils baignent dans le trafic de corps. Enfin tout ce qui est illicite. Ils poursuivent les ninjas des villages cachés inscrits dans les différents bingo books et vendent leur corps contre une bonne prime. Contrairement aux criminels, ils n'ont pas d'objectifs précis.
Criminels: Ayant fuis leur village, ils ont tous quelque chose à revendiquer. Ils sont bien souvent contre certaines idéologies ou bien avides de pouvoirs. Certains sont au sommets de marchés illégaux, certains à la tête d'organisations. D'autres font route seuls attendant l'occasion de pouvoir servir leur propre cause.